Y claro que te funciona, el tema es que si se te pierde esa copia, es tan válida como la original. La gracia del immobilizer es que te haces copias mecánicas con distintos códigos y sólo arrancan las que tengas programadas.
Caso práctico:
Tengo llave maestra, llave con cód. A y llave con cód B (distinto). Con la maestra programo las dos. Pierdo la A. Reprogramo, y la moto sólo conoce la B, de modo que es la única llave (aparte de la maestra) que arranca la moto. El que se encuentra la llave A, si encuentra mi moto y la mete, me podrá robar el casco o lo que lleve dentro y me la podrá cambiar de sitio, pero no podrá arrancarla sin cambiar el CDI.